JFlex è un generatore di analizzatori lessicali.
JFlex è uno scanner che accetta in ingresso un insieme di espressioni regolari e di azioni associate a ciascuna espressione e produce in uscita un programma Java che riconosce tali espressioni.

CUP e un analizzatore sintattico (parser), quindi è un programma che è in grado di associare alla sequenza di simboli in ingresso il relativo albero di derivazione.
CUP è di tipo bottom-up (dalle foglie alla radice).